在古時候，藏王山上修行的修驗道僧侶居於此峽谷中。因為距離山頂很近，他們可以登山朝拜初昇的太陽，而溫泉水則有助於他們從嚴格的修行中恢復體力。

峩峩溫泉於西元 1875 年正式開張，至今由同一家族代代相傳經營。早期，人們因溫泉水的療效慕名而來。泡湯客通常是從事體力活的勞動者，例如農夫或漁夫。他們常會一次停留兩到三個月。由於當時的設備還很簡陋，泡湯客會在公共廚房炊煮飯菜。

隨著科技的進步和日本的經濟發展，勞動者的體力負擔減少的同時，時間也變少了。由於旅客通常無暇停留太久，且希望利用時間好好休息，旅館也因應這些變化開始提供膳食並提升設備。

峩峩溫泉目前是由第六代繼承人主竹內先生親自設計翻修而成，希望大幅度提升客人的舒適感和放鬆感，這意味著避開採用一般豪華旅館常見的拘謹形式。「在峩峩温泉，我們希望客人像在家一樣舒適自在」竹內先生說。

大廳有著山屋的溫馨舒適感。桌椅圍繞著一個室內壁爐，堆滿木柴，一旁有精緻高雅的書櫃與豐厚藏書。吧檯提供非酒精飲料、精心嚴選的威士忌、道地的清酒以及來自加州和山形的葡萄酒，打造一個完美的社交氛圍。

大廳的溫馨社交氛圍則與客房本身的幽靜形成了對比。客房寬敞而寧靜，細緻低調的裝飾增添了一絲沉穩氛圍。輻射地板暖氣系統為房間提供溫暖，大窗戶則讓陽光灑落其中，使房間沐浴在暖陽裡，打造深度放鬆與療癒效果。